童小军说，该制度建设要明确主责机构，设专门的儿童保护服务机构，工作模式则跨专业、跨领域、跨部门。“一般来讲，这个专门专业的儿童保护服务机构，应设置在民政部门，国家给予充分授权，明确责任目标，给予资金支持。”

2013年，两高等部门发布《关于依法惩治性侵害未成年人犯罪的意见》（下称“意见”）时，对精神损害赔偿的问题，时任最高法院刑一庭庭长周峰介绍了刑事诉讼法和相关司法解释，但他表示该问题还要深入研究探讨。

《任何竞赛奖项均不与基础教育阶段招生入学挂钩》童小军不太赞成由施暴的被告人给予精神损害赔偿。她认为，性侵对儿童的精神或心理伤害很大，这种伤害不能弥补，“并且会让施暴者觉得我已经赔偿你了，这是一个很大的误区”。