博士毕业后，管中闵在美国伊里诺伊大学香槟校区经济学系任助理教授开始其教学生涯，于1994年放弃获终身副教授的机会举家回台，于台湾大学经济系任教。

他也不忘替自己辩解，“若涉及主权或民族感情问题，则不必刻意去刺激，我们就是坚守立场，表达异议或是抗议;大家以为我们没有，但是其实都有。”该言论遭到台湾网友的口诛笔伐，有网友称，“从来没见过你的抗议”，“简直就是卖国贼”。

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